在国务院有关领导的亲自关怀下，在财政部、中国科学院和中国银行的大力支持下， 2003年2月，经国务院同意，民政部批准陈嘉庚科学奖基金会正式注册成立。

陈嘉庚科学奖基金会是由中国科学院和中国银行出资设立的非营利的全国性基金会，是独立的基金会法人，接受中国科学院的业务指导和民政部的监督管理。

陈嘉庚科学奖基金会的宗旨是：奖励取得杰出科技成果的我国优秀科学家，以促进中国科学技术事业的发展，助力实现中华民族的伟大复兴。基金会实行理事会负责制。

基金会成立之初设立陈嘉庚科学奖，奖励近期在中国做出的重大原创性科学技术成果。2010年，基金会设立陈嘉庚青年科学奖，奖励在中国独立做出重要原创性科学技术成果的青年科技人才（年龄在40周岁以下）。

加强科学技术原始创新一直是我国几代科学家的心愿，基金会根据国家科技事业的发展以及国家奖励制度的改革情况，以奖励原创性成果为目标，努力使陈嘉庚科学奖在提升我国科技自主创新能力，倡导治学严谨的优良学风，激发科学家科技创新积极性等方面发挥积极的作用，为建设创新型国家做出贡献。